מסלול משותף לרשות החדשנות, משרד האוצר ומפא"ת (משרד הבטחון) לתמיכה בפיתוח של טכנולוגיות שנמצאות בשלב טרום-מוצרי והן בעלות יישומים דואליים. כלומר, מהווים מצד אחד תרומה לביטחון המדינה ומצד שני בסיס לפוטנציאל כלכלי-עסקי. המסלול מיועד לחברות בכל הגדלים, ומציע מענק בשיעורים של לפחות 55% מתקציב מקסימלי של 5 מיליון ₪.

​מסלול נוסף של רשות החדשנות שמיועד למפעלי תעשייה שמעוניינים להטמיע תהליכי חדשנות טכנולוגית במפעל, בפיתוח ושיפור תהליכי ייצור, שיפור מוצרים קיימים וכמובן פיתוח של מוצרים חדשים. נוסף על התאמת אמות המידה לענפי התעשייה המסורתית והמעורבת, המסלול מציע תנאים מועדפים לחברות שעומדות בתנאי הסף, כגון פטור מתמלוגים ושיעורי תמיכה גבוהים יחסית. בנוסף, כחלק מהמסלולי ניתן לקבל מימון ליועצים טכנולוגיים לטובת תהליך מקדים ("מכינת מו"פ").

***מסלול קרן המו"פ הוחלף בקרן ההזנק ורלוונטי רק לחברות שזכו במענק ומגישות בקשות המשך.

לשעבר מנגנון התמיכה העיקרי של רשות החדשנות לחברות שמבצעות מחקר ופיתוח יישומי (כלומר של מוצרים או טכנולוגיות מסחריות). המסלול מציע תמיכה בשיעורים של 20%-50% מהתקציב המאושר, לתאגידים מסטארט-אפים ועד חברות בוגרות בכל תחומי הטכנולוגיה (פיתוח חומרה, תוכנה, תקשורת, מערכות מורכבות, מדעי החיים, מכשור רפואי, סייבר, IOT, פינטק, קלינטק, ועוד). המסלול מציע תנאים מועדפים ליזמות של נשים, חרדים וערבים וכן לחברות שנמצאות באזורי פיתוח. המסלול הוא מסלול תחרותי, כשהקריטריון המוביל הוא חדשנות טכנולוגית. קבלת התמיכה מרשות החדשנות מהווה תו איכות שמקלה על גיוס השקעות פרטיות בהמשך הדרך.

מסלול של מנהלת סחר חוץ במשרד הכלכלה, המסייע לחברות המעוניינות להתחיל לייצא, כמו גם לכאלה שיש להם פעילות ייצוא ומעוניינות להתרחב לשווקים או מגזרים חדשים. בנוסף לתמיכה כספית בפעילויות שיווק בחו"ל, התוכנית כוללת גם סיוע של מערך הנספחים המסחריים וליווי והכוונה בנושאים של תקינה, רגולציה וחדירה לשוק.

קרן הזנק מחליפה את קרן המו"פ בתור מכשיר התמיכה העיקרי של רשות החדשנות בחברות שעושות מחקר ופיתוח. בקרן שלושה מסלולים: פרה-סיד, סיד ו-round A, כל אחד מהם בהתאם לשלב הפיתוח שבו נמצאים החברה/מיזם וגודל סבב הגיוס הדרוש. קרן הזנק מבטאת שינוי פרדיגמה ביחס למודל ההשתתפות בסיכון שלפיו פעלה קרן המו"פ, כאשר כיום המיקוד הוא בהפחתת סיכון למשקיעים בהגעה לאבן דרך מימונית. השינוי מתבטא גם במורכבות רבה יותר בכל מה שקשור לדרישות, הנהלים, ואמות המידה.

בנוסף לתמיכה בחברות, הרשות מפעילה מסלול לתמיכה במיזמים טכנולוגיים בראשית הדרך, באמצעות מענק התחלתי לטובת גיבוש הרעיון הטכנולוגי והגעה להוכחת ישימות טכנולוגית ו/או עסקית. המסלול מאפשר ליזמים שעדיין לא הקימו חברה להגיע לאבן דרך שתאפשר להחליט האם כדאי להמשיך בפיתוח המיזם ולגייס הון פרטי או למצוא שותף עסקי, מבלי לסכן הון עצמי משמעותי. התמיכה הכספית היא בהיקף של עד 200 אלף ₪ בשיעור של 80% לתקופה מקסימלית של שנתיים (סך תקציב 250 אלף ₪). 

מנגנון התמיכה המרכזי במו"פ של האיחוד האירופי. כולל מגוון של תוכניות וקולות קוראים בתחומים שונים, בעיקר להקמת מאגדים שמורכבים ממספר גופים (תעשייה, אקדמיה, מלכ"רים ועוד). HEU מציע אחוזי תמיכה גבוהים ללא תמלוגים, אולם התחרות גבוהה בהתאם. לכן יש חשיבות גדולה למציאת שותפים נכונים בעלי ניסיון וידע וכן ביצירת סינרגיה בין החברות במאגד. בנוסף ל-HEU ישנן גם תוכניות נלוות כדוגמת THCS, ERA.net, EIC ואחרות, ייעודיות לתחומים או לסוגים שונים של חברות.

רשות ההשקעות (בעבר מרכז השקעות במשרד הכלכלה) מפעילה מספר מסלולים לתמיכה בתעשייה, חלקם בשיתוף עם רשות החדשנות. המוכר מכולם הוא מסלול המענקים ("מפעל מאושר") שמאפשר סבסוד של המדינה בהשקעת הון שמטרתה הרחבה או הקמה של פעילות ייצור. בנוסף למסלול המענקים, ישנם מסלולים נוספים כגון העלאת הפריון התעשייה, ייצור מתקדם (תעשיה 4.0), מסלולי כלכלה מעגלית (טיפול בפסולת ובתוצרי לוואי) , מסלול מתווים למעבר מפיתוח לייצור ותמריצי תעסוקה.